Sjövägen Hästholmen — Hjo var en bra förbindelse mellan östra och västra Sverige både för person- och lasttrafik. Under 1300-talet var trafiken livlig och Hästholmen blomstrade.
På 1300-talet var Hästholmen en av fyra städer i Östergötland med eget stadssigill. Enligt handlingar från 1384, finns avtryck av ett sigill varpå det står "Villa Hestolmiensis", vilket skall kunna betyda stad eller fäste.
När Vadstena kloster hade byggts, avtog trafiken till Hästholmen och ortens betydelse minskade. Fram till 1800-talet ökade transporterna till framförallt jordbruket. Man tog in förnödenheter, gödsel och foder samt skeppade ut spannmål och virke från hamnen.
Från början fanns det ingen hamnanläggning så de större fartygen fick ankra på "redden". På 1850-talet kom den egentliga hamnbyggnaden till och hamnen fick då i princip den utformning som gäller än i dag.
Magasinet, siloanläggningen, hamnstugan på berget och båthusen för yrkesfiskarnas båtar tillkom allt eftersom. Bolaget iordningställde en bättre hamn och det byggdes en brygga.
Hästholmens Hamn- och Magasin AB har med växlande framgång styrt och ställt i hamnen. Bolaget har en brokig historia. Aktiemajoriteten har ägts av SJ, senare Göta Lantmän och slutligen av Ödeshögs kommun.
Samråd med berörda myndigheter, sakägare, miljökonsekvensbeskrivning, miljödom, fastställande av ny detaljplan och upphandling tog tid. Den 20 september 2004 påbörjades äntligen arbetet.
Huvudentreprenör blev BEFAB Schakt AB med PEAB Sverige AB som underentreprenör. Teknisk konsult har varit Olle Elfver, Jönköping. Kompletterande flytbryggor med tillbehör har levererats av Svenska Flytpontoner. Dessutom har förbättringar av serviceanläggningar med mera genomförts. Den "nya" hamnen invigdes den 3 juli 2005.
Under våren 2007 förbättrades piren efter stormen Pers härjningar.

Hamnen 1949. Foto: Erik V Petersson
